С увеличением числа производителей систем электронной идентификации животных возникла проблема создания единого стандарта. На данный момент таких стандартов существует несколько:
«Открытый стандарт» Европейской Ветеринарной Ассоциации (FECAVA), которая предложила взять за образец стандарт, разработанный компанией Destron. Её протоколы и интерфейс были помещены в открытый доступ, и таким образом любая компания могла вполне легитимно воспользоваться информационными материалами для производства микрочипов, ничем не отличающихся от транспондеров Destron. Таким способом воспользовалась, например, компания AVID, которая начала программирование кодов с противоположного конца номерного ряда. В какой-то момент номера компаний Destron и AVID начнут «налагаться» друг на друга, что создаст большую проблему, так как смысл идентификации состоит в том числе в обеспечении уникальности кода для каждого животного.
«Открытый стандарт» ISO (International Organization for Standardization), который разрабатывался в течение пяти лет крупнейшими компаниями-производителями электронных систем идентификации — Группой четырёх (AEG, Datamars, Nedap и Trovan) и Texas Instruments. Он получил международное признание, и большинство компаний-производителей используют именно ISO 11784/85. В настоящее время готовится к выходу новый, модернизированный стандарт ISO 14223, в котором будут затрагиваться такие вопросы, как применение микрочипов стандарта R/W (Read/Write), новые уровни безопасности (второе уровень кодирования микрочипа), температурные датчики и пр. Действующий стандарт будет включен в ISO 11784/85.
