Самый лучший вариант - это убрать перегородку совсем, маму привязать, жеребенка оставить перемещаться самостоятельно. И всю дорогу по камере контролировать. Малыши и ложатся в дороге, и едят.
Если бы расстояние было не такое большое, то можно было бы сеном заложить выход из одного отсека, чтобы там оставить жеребенка и он не мог перебраться к матери под ноги. Так безопасней в дороге в теории, на практике могут начать ломиться друг к другу все равно.