Ну вообще если прививка была правильно сделана и препарат был качественный, то вряд ли это может быть лишай.
Лишай - заболевание заразное, есть ли в Вашей конюшне лошади, больные им?
Чтобы исключить аллергию вспомните, не меняли ли Вы что-то в рационе лошади?
Надо взять образцы частичек кожи и сделать исследование на определения возбудителя заболевания и постановки диагноза. Конечно, этим будет заниматься Ваш ветеринар.