В коровниках обычно с вентиляцией всё замечательно-изначально-ведь рассчитана она на большое поголовье,причём коров,при содержании которых влажность гораздо выше,чем,к примеру,при денниковом содержании лошадей.
А вот если вентиляцию загубили(как приток,так и отток)-вот тут и будут проблемы.
Все ли шахты открыты?Имеется ли приток воздуха?
Как понимаю,коровник без отопления?
В любом случае,тотальная дезинфекция(препаратов на рынке масса-и малотоксичных)-и неоднократно.
Конечно,придётся дождаться лета-чтоб вывести лошадей на улицу(если это возможно и поголовье небольшое).