Во-первых, убедиться, что это лишай - сдать соскоб на анализ. В Москве делают в ВИЭВ точно, может и еще где.
Во-вторых, купить вакцину от лишая (точнее, от трихофитии и микроспории) и уколоть больную лошадь в лечебной дозе + ВСЕХ остальных лошадей на конюшне в профилактической (иначе будете лечить всех по очереди). Дозы не помню, но при продаже вакцины вам все скажут.
В-третьих (хотя, в принципе, можно ограничиться и во-вторых
), применять противогрибковые средства. Йод, как вы понимаете, не из этой оперы. Наружные (если очаг поражения небольшой), или уколы или пероральные (если лошадь вся "цветет" - мазей не напасешься). Самое простое - мазь ям. Еще клотримазол. Подозреваю, что еще до фига есть противогрибковых препаратов, в том числе и человеческих. Надо смотреть в анотации, чтобы данный препарат действовал на тот грибок, с которым ты борешься. А чтобы знать, с чем ты борешься, см. пункт первый
Длительность лечения зависит от степени зацветания и общего состояния организма. Может быть довольно длительный процесс.