Я не ветеринар но большой опыт с конем с хобл и я бы в первую очередь копала в этом направлении.весна в принципе период обострений. А лошади очень нежные в плане дыхалки.
У вас ничего не менялось в плане выгула, проветриваний, новая партия сена приехала. У вас манеж крытые или плац, сколько лошадь гуляет? Сено с пола или в рептухе?
Если есть стетоскоп, можно послушать трахею - бронхи.