Когда на ипподроме работала у меня был подобный случай. Привезли лошадь, которая стояла ооочень долго в деннике и ее вообще не выпускали, были проблемные копыта и была( видимо когда-то давно) сбита холка. Лошадь вообще очень нервная была и людей не подпусткала. Я ее сначало просто в левадку выводила, подкармливала вкусненьким, ну и т.п. прививала так сказать доверие) Потом потихоньку на корде бегать начали, шагались много и рысь по паре минуток в день, начиная с 3мин., прибавляли. Когда рысь уже хорошо пошла, лошадь ровно дышала и с охотой бегала, прибавляла галопчика. С седловкой проблемы были, из-за холки своей не давалась, но со временем привыкла. Сначала подсаживалась на нее без седла и бегали по левадке так, затем уже под седлом. Правда она в левадах и манежах очень неохотно работала, а вот в лесу и в полях с огромным рвением. Ну в общем пришла она в норму и щас работает очень хорошо.
Я могу посоветовать все-таки на корде ее гонять, чтобы пар выпустила, да и просто полезно, а раз говорите, что рысит еле-еле, действительно попробуйте разнообразить маршруты, много лошадей знаю, которые хорошо чувствуют себя и работают в полную силу в поле, а в манежах халтурят.