Музей воды - в Таврическом дворце. Музей неплох, но обязательно надо спрашивать, есть ли возможность посмотреть фильм о том, что такое вода для Петербурга, что заливали наводнения и т.п. Очень красиво сделанный фильм, причём он проиллюстрирован игрой света на детальном (до окон!) макете города. Так же в экскурсию входят прогулки по "пещере" со сталагтитами и сталагмитами, что-то ещё. Но если просто прийти и пройтись по этажам, этого рне увидишь. Так что обязательно уточняйте про экскурсию по музею.
Музеи шоколада - на Невском. Один - недалеко от м. пл. Восстания, второй - в районе Катькиного садика, что ли. В общем, они заметны, так что, если идти по Невскому, не пропустите.
Музей пыток - в Петропавловской крепости. Где конкретно на территории - не помню, но указателей к нему встречается много. Я туда так и не пошла - поразила какая-то немыслимая цена (чуть ли не под 1000р.)