Воздух из одной емкости бывает разным, это если понимать буквально. Вот тут стою я и дышу, а рядом другой и дышит табачным дымом, который в нос выпускает ему третий. То есть дышим мы в одной ёмкости, но разным воздухом. По составу разным. Иначе, по вашей логике, если понимать буквально, одним воздухом дышат все люди и все животные, которые находятся в одной комнате, к примеру или в одном городе. Но ведь слова "Воздухом с тобой одним дышу" нельзя применить к ним ко всем в равной степени.)
Так что всё же это тоже метафора. "Воздухом одним с тобой дышу" "Мы с тобой одной крови" (никто не сомневается, что кровь у людей в общем одинаковая, но состав всё же бывает разный, даже если группа одна. а если вспомнить, что говорил это человечий детёныш волкам и другим животным джунглей, становится понятно, что это метафора, как она есть
). Значение метафоры - мы с тобой вместе, заодно, такие родные и близкие, смотрим в одну сторону, думаем одинаково об одном и том же настолько, что будто дышим одним воздухом и имеем одну и ту же кровь.)