Глубокая подстилка, это когда каждый день не отбивают, а только досыпают свежую, и время от времени (стандартно - раз в месяц) вывозят все полностью.
Нюансы в том, что конюшня изначально должна быть построена под это: заглубленный пол (потому что толщина матраса стремительно увеличивается), возможность убирать стены денников, чтобы при уборке могла пройти техника. Ну и наличие той самой техники.
Сама по себе такая подстилка вполне имеет право на существование (в ней даже есть свои плюсы, например в том, что меньше аммиака попадает в воздух, чем при "стандартной" ежедневной отбивке), но из-за указанных выше технических сложностей ее довольно редко используют.
В Германии глубокую подстилку часто применяют при зальном содержании лошадей (матки на конзаводах, молодняк на доращивании и т. п.)